Konon pada jaman dulu Desa Kedungrejo dilewati oleh Anakan Sungai Brantas di aliran sungai tersebut ada sebuah tempat yang dalam (Jawa:Kedung) sekaligus dijadikan berlabuhnya perahu pendatang, makin lama makin ramai (Jawa:rejo) akhirnya disekitar dijadikan tempat tinggal/Pemukiman,Maka dinamakan kampung / Desa KEDUNGREJO, Anakan sungai Brantas tersebut  kini berubah menjadi rawa-rawa.

Adapun Kepala Desa yang pernah menjabat adalah :

1. Mbah Suto 1930 s/d  1937

2. Kemis 1937 s/d 1940

3. Marmin 1940 s/d 1942

4. Jazuli 1942 s/d 1955

5. Harini 1955 s/d 1990

6. Guyubono 1990  s/d  1998

7. Pj. Kades Sugiono 1998  s/d 2001

8. A.Y Suyanto  2001  s/d 2013

9. Sujarwo    (2013 s/d 2019)  dan (2019 sampai Sekarang

 Demikian asal usul Pemerintahan Desa Kedungrejo.